本試験（日本人335例を含む総投薬症例数18,140例）において、副作用はアピキサバン群27.8％（9,088例中2,524例）、ワルファリン群34.2％（9,052例中3,092例）に認められた。主な副作用は、アピキサバン群では、鼻出血456例（5.0％）、血尿234例（2.6％）、挫傷151例（1.7％）などであり、ワルファリン群では、鼻出血554例（6.1％）、血腫317例（3.5％）、血尿290例（3.2％）などであった。
重篤な副作用はアピキサバン群で381例、ワルファリン群で579例に認められた。主な重篤な副作用は、アピキサバン群では消化管出血38例、貧血24例、出血性卒中、血尿が各19例など、ワルファリン群では、消化管出血39例、血尿35例、出血性卒中34例などであった。投与中止に至った有害事象は、アピキサバン群では虚血性脳卒中24例、血尿21例、胃腸出血20例など全688例、ワルファリン群では出血性卒中23例、脳血管発作22例、肺炎21例など全758例であった。死亡に至った重篤な有害事象は、アピキサバン群では突然死が57例、心不全が37例、心臓突然死が30例などの429例、ワルファリン群では突然死が50例、心不全が43例、肺炎が30例などの468例であった。
日本人症例335例において、副作用はアピキサバン群28.1％（160例中45例）、ワルファリン群42.9％（175例中75例）に認められた。主な副作用は、アピキサバン群では、鼻出血11例（6.9％）、皮下出血8例（5.0％）、結膜出血4例（2.5％）などであり、ワルファリン群では、鼻出血16例（9.1％）、皮下出血12例（6.9％）、結膜出血5例（2.9％）などであった。
重篤な副作用はアピキサバン群で4例、ワルファリン群で17例に認められた。主な重篤な副作用は、アピキサバン群では、大腸出血、メレナ、脊椎圧迫骨折、くも膜下出血が各1例であり、ワルファリン群では、出血性胃潰瘍、硬膜下血腫、脳出血が各2例などであった。投与中止に至った有害事象は、アピキサバン群ではうっ血性心不全2例など全17例、ワルファリン群では脳梗塞3例など全31例であった。死亡に至った重篤な有害事象は、アピキサバン群では5例（内訳：心筋梗塞、心室細動、死亡、交通事故、転移性肝癌、くも膜下出血、自殺未遂）、ワルファリン群では4例（内訳：不安定狭心症、うっ血性心不全、肺の悪性新生物、脳幹出血、上部消化管出血、肺炎、出血性ショック）であった。